ฟักทองไม่เพียงให้เนื้อผลสีเหลืองอร่าม อุดมไปด้วยเบตาแคโรทีนและเส้นใยอาหาร แต่ยังให้เมล็ดฟักทองที่มีคุณค่าไม่แพ้กัน เป็นทั้งของว่างเคี้ยวสนุกที่มีประโยชน์ต่อร่างกาย เป็นแหล่งของโปรตีน ให้โปรตีนใกล้เคียงกับถั่วเหลือง และยังมีกรดไขมันไม่อิ่มตัว วิตามินอี ฟอสฟอรัส สังกะสี
เมล็ดฟักทองเป็นแหล่งของฟอสฟอรัสและสังกะสีในปริมาณสูง แน่นอนว่าเป็นประโยชน์ต่อร่างกายช่วยยับยั้งการเกิดผนึกนิ่วในกระเพาะปัสสาวะ สังกะสีจำเป็นสำหรับการพัฒนาของอวัยวะสืบพันธุ์ที่เหมาะสม การทำงานตามปกติของต่อมลูกหมาก หากขาดสังกะสีจะเป็นสาเหตุของการเป็นหมัน ทำให้ขนาดและโครงสร้างของต่อมลูกหมากผิดปรกติ เมล็ดฟักทองมีกรดไขมันไม่อิ่มตัว ดึงไขมันในเส้นเลือดไปใช้ประโยชน์ ช่วยแก้ปัญหาโรคหลอดเลือดอุดตันได้ เส้นใยอาหารในเมล็ดฟักทองช่วยเพิ่มปริมาณกากอาหาร จึงไม่เกิดแรงดึงที่ผนังลำไส้ที่จะทำให้เส้นเลือดดำโป่งบวม อันเป็นสาเหตุของโรคผนังลำไส้โป่งพอง
ตามตำราแพทย์แผนจีนกล่าวว่า เมล็ดฟักทองมีสรรพคุณช่วยขับพยาธิ มักใช้ขับพยาธิไส้เดือน พยาธิเส้นด้าย พยาธิใบไม้ในตับ ขับปัสสาวะ แก้ไอ บรรเทาอาการไอกรน อาการมือเท้าบวมหลังคลอด การกินเมล็ดฟักทองคั่วเป็นประจำจะช่วยบำรุงผิว บำรุงเลือดและลำไส้ และช่วยขับพยาธิ แม่หลังคลอดที่มีน้ำนมไม่พอ ให้นำเมล็ดฟักทองกะเทาะเปลือกมาคั่วจนสุกแล้วบดละเอียด กินขณะท้องว่างจะช่วยขับน้ำนม
สรรพคุณในการขับพยาธิของเมล็ดฟักทองเนื่องมาจากมีสารคิวเคอร์บิทีน (Cucurbitine) ซึ่งมีฤทธิ์ฆ่าพยาธิ วิธีเตรียมยาฆ่าพยาธิง่าย ๆ คือ นำเมล็ดฟักทอง 60 กรัม มาบดให้เป็นผง ผสมน้ำตาล นม เติมน้ำให้ได้ปริมาณ 500 มิลลิกรัม แบ่งกิน 3 ครั้ง ห่างกันครั้งละ 2 ชั่วโมง หลังกินครั้งสุดท้ายอีก 2 ชั่วโมงจึงค่อยดื่มน้ำมันละหุ่ง 2 ช้อนโต๊ะตาม เพื่อขับพยาธิออกมา